노무사님, 자세한 답변 넘 감사합니다.
말씀 주신데로  제가 이해하고 다음과 같이 계산해 보았는데요
급여공제부분은 민감한 부분이라 
계산방법이 맞는지 최종검토부탁드립니다.

1. 4월 7일 입사한 직원이 
5월(3일), 6월(6일), 7월(4일),8월(2.5일),9월(2일), 10월 17일현재(4.5일) 총 22일을 사용함에
전월 개근했을경우 다음달에 1일의 연차휴가가 부여되기에
4월 개근에 따른 1일만 연차발생으로 출근으로 간주하며
나머지 21일은 결근처리로 종결됨

2. 계산방법
 1) A: 21일 실제사용일수 (* 이경우 21일 결근일수를 넣어야 할지, 1일 연가사용일수를 넣어야할지 모르겠음)
                                                  우선은 21일로 계산함.
 2) B: (15일*254/365)-21 = -10.6(마이너스)
 3) C: 11-21=-10(마이너스)
 2009년 1월 1일= -10.6-10=-20.6(21일) 당해연도 연차발생안함
    마이너스 21일 나오며 당해연도 연차발생일은 전혀없음
 4) 21일 결근처리에 따른 2008년 12월달 급여공제분
 -1일 계산: 기본급,직무수당, 가계보조수당, 교통비, 가족수당, 정액급식비
    6개항목 고정적인 수입의 총합계의 1/30
 -1일: 36,987원
 5) 총 공제금액: 21일*36,987=776,727원임(776,720원, 원단위절사)

3. 최종결론
 1) 2008년도 12월에 21일 결근처리에 따라 급여에서 공제하며
  (*의문: 1년미만 퇴직자의 경우 사용한 연차는 모두 급여에서 공제해야하는게 맞죠?, 원래 1년미만은 연차발생안되잖아요.. 전월 개근시 매월1일의 연차휴가를 부여하는것은 내년에도 계속근무를 가정하고 주는거죠.. 그러니, 혹 1년미만 퇴직자는 전월 개근하고 사용한 연차라 하더라도  모두 결근처리하고 급여에서 공제해야죠?)
 *예: 위 직원의 경우 1년 미만 퇴직할경우 1일 주어진 연차도 모두 포함하여 총 22일 결근처리함

 2) 2009년도 1월1일~12월 31일: 연차는 전혀발생하지 않으며, 혹 사용시 해당월 급여에서 그달그달 공제함
 ( * 의문: 혹여나, 2008년도 21일 결근처리한거 급여에서 공제했는데, 2009년도 연차 새롭게 발생하는거 아니냐고 물어보면 위 답변이 맞나요?.
위 계산 "A"의 경우  결근처리한 21일을 실제사용일수로 해서 계산하면 위 결론이 나오고, 
만약 "A"를 21일 결근처리한부분은 12월달 급여에서 공제했으니, 1일 사용한 연가사용일수를 대입해서 계산하면 또 틀리잖아요? 어떤 숫자를 대입하는게 맞나요?  )

 3)주 40시간 근무장에서의 연차의 개념은  입사 당해년도에는 연차가 원래없으며 , 혹 사용한 연차는 다음해 연차에서 미리 당겨서 사용했으니 다음해에서 발생하는 연차일수에서 공제하면 되는게 맞요?

4) 해당년도 쓰지않는 연차사용은 연월차 보상수당으로 지급하는데, 보상수당 안받고 다음해로 이월해도 되나요?
   아님, 보상수당 모두 처리하고 이월이 발생하지 않도록 해야되나요?
  그해에 다 쓰지않으면 소멸되는게 맞죠?
 

선생님, 실업급여, 출산급여등 모의계산처럼 연차사용일수 자동계산, 모의계산 프로그램은 별도로 없나요?
넘 어렵습니다^^